ความอุดมสมบูรณ์ของทรัพยากรความหลากหลายทางชีวภาพในประเทศ และสินทรัพย์ทางปัญญาที่เกี่ยวข้อง เป็นสมบัติของชาติที่ยังคงมีคุณค่ามหาศาล มีความสำคัญอย่างยิ่งทั้งในด้านเศรษฐกิจ สังคม และสิ่งแวดล้อม หรืออาจกล่าวได้ว่า เป็นสมบัติสำคัญที่เหลืออยู่เพียงอย่างเดียวที่จะนำพาให้ประเทศไทยอยู่รอดได้ในภาวะวิกฤตทั้งหลายที่ปวงชนกำลังประสบอยู่ในขณะนี้ อย่างไรก็ตาม การพัฒนาประเทศบนฐานทรัพยากรความหลากหลายทางชีวภาพ ไม่สามารถทำได้อย่างมีประสิทธิภาพ เนื่องจากการขาด องค์ความรู้พื้นฐานทั้งที่เป็นความรู้สมัยใหม่และความรู้จากภูมิปัญญาที่นำมาประสานกัน และขาดบุคลากรที่มีความเชี่ยวชาญเฉพาะทาง ซึ่งนำไปสู่ความไม่มั่นคงของฐานทรัพยากร อีกทั้งการเปลี่ยนแปลงทางด้านเศรษฐกิจสังคม ด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และด้านทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมในปัจจุบันก่อให้เกิดความเปลี่ยนแปลงทั้งด้านโอกาสและภัยคุกคาม ส่งผลให้ประเทศไทยต้องมีการบริหารจัดการทรัพยากรและองค์ความรู้ด้านความหลากหลายทางชีวภาพอย่างบูรณาการ และเป็นระบบทั้งการสร้างและการพัฒนาองค์ความรู้ รวมถึงการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีที่เหมาะสมมาผสมผสานร่วมกับจุดแข็งของสังคมไทย

                   ศูนย์ความเป็นเลิศด้านความหลากหลายทางชีวภาพ (Center of Excellence on Biodiversity) จึงได้รับการพิจารณาให้จัดตั้งขึ้นตามมติในที่ประชุมคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2549 เป็นหนึ่งใน 11 ศูนย์ความเป็นเลิศ ภายใต้การกำกับดูแลของสำนักพัฒนาบัณฑิตศึกษาและวิจัยด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (สบว.) (Postgraduate Education Research Development Office) กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (อว.) (Ministry of Higher Education, Science, Research and Innovation) ทั้งนี้เพื่อเป็นกลไกสำคัญที่จะนำไปสู่การเสริมสร้างความมั่นคง ของฐานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม การสร้างนวัตกรรมและมูลค่าเพิ่มให้แก่ระบบเศรษฐกิจและสังคมของประเทศไทย รวมทั้งการสร้างรากฐานการศึกษาและวิจัยของประเทศให้เป็นผู้นำ และศูนย์กลางการศึกษาในระดับอุดมศึกษาของภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ทางด้านความหลากหลายทางชีวภาพ